Hay varias formas de colocar un archivo existente en otra carpeta de tu Kontainer. Veámoslas:
Elegir una carpeta nueva
Mueve archivos con rapidez haciendo clic con el botón derecho sobre un archivo, o sobre una selección de archivos, y eligiendo Mover.

Después elige la carpeta de destino y confirma con Mover.

Arrastrar y soltar
También puedes arrastrar los archivos desde la vista de carpeta, a la derecha, hasta una carpeta de la estructura de carpetas, a la izquierda.

Carpetas de álbum
Si quieres que un archivo siga en su carpeta original y, además, aparezca en otra, no hace falta que lo copies ni que lo vuelvas a subir.
Crea una carpeta de álbum y mueve el archivo a ella.

De este modo creas una referencia, o alias, del archivo original en la carpeta nueva, sin quitarlo de la carpeta actual.
Más información sobre las carpetas de álbum aquí.